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Belegte man, wie Agricola es tat, zunächst unterschiedslos alle „beim Ausgraben“ gefundenen Kuriositäten mit dem Begriff Fossil, darunter auch Minerale, Artefakte, seltsam geformte Wurzeln oder Konkretionen, fand im Laufe der Zeit eine Bedeutungsverengung auf solche Objekte statt, die von der Existenz urzeitlichen Lebens zeugten.

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In diesem Sinne wird das Adjektiv fossil auch heute noch nicht ausschließlich für Überreste von Lebewesen verwendet, beispielsweise in der Wortkombination fossile Energieträger (Kohle, Erdöl) oder fossiles Wasser (sehr altes Tiefengrundwasser). Es bezeichnet alle Bildungen, die geologisch relativ jung sind.

Sie stehen als passiv verkalkte Bakterienmatten zwischen Körper- und Spurenfossilien.

Hier abgebildet ist der polierte Anschnitt eines geologisch eher jungen Exemplars aus dem Maastrichtium (Oberkreide) der bolivianischen Anden mit deutlich feinlagigem Aufbau.

Gängige Bezeichnungen für Fossilien waren auch Petrefakt und Versteinerung, und tatsächlich entstehen in vielen Fällen Fossilien dadurch, dass organische durch mineralische Substanz ersetzt wird.

Entsprechend wurde die Vorform der modernen Paläontologie bis weit ins 19. Der Däne Nicolaus Steno führte bereits 1667 als erster neuzeitlicher Gelehrter den Nachweis, dass es sich bei Fossilien nicht um Launen der Natur, sondern um Reste von Lebewesen aus früherer Zeit handelt.

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